疱疹性咽峡炎最容易混淆的病就是手足口病，这两种病虽然都会出现口腔疱疹，最后形成溃疡，但是也有一定的区别。疱疹性咽峡炎只是在口腔，手足口不单单是口腔，除了口腔之外，手、足、臀部也会出现疱疹。而且疱疹性咽峡炎一般并发症极少，手足口病的并发症很多，可以出现脑炎、脑膜炎、心肌炎等，严重的患者可以导致死亡。